极端气候影响的不只是生活与农业，甚至还与航运有关。巴拿马持续的干旱和低水位，使得今年以来，巴拿马运河（Panama Canal）航行受到限制，等待过境的船只数量，高于历年平均值。
每日科学（Scitechdaily）报导，巴拿马运河全长80公里，横跨巴拿马地峡，每年为多达14,000艘船舶，提供大西洋和太平洋之间，重要的快速通道，比起绕行南美洲最南端的合恩角，节省超过1个星期的航行时间，被誉为「海运捷径」。
巴拿马地峡多山，因此船支通过运河需要经过一系列的船闸，如同「搭电梯」，登上最高位的湖泊后，到海洋另一端后再进入船闸。包括船闸与湖泊都需要大量的湖水，由巴拿马地峡丰富的降雨补充。
然而，持续的干旱，使运河最大的湖泊加通湖（Lago Gatún）水位接近历史最低。今年8月中旬，加通湖的水位已接近2016年5月的历史最低位，远低于过去五年的8月平均水准。
作为节约用水的一种方法，巴拿马运河管理局从今年7月30日起，减少了每天可通过运河的船只数量。8月初的船只的等候数已达到160艘船，但历年的等候船只最多仅有90艘，可见今年的不寻常。
除了减少每日通航量以外，巴拿马运河管理局也祭出最大吃水深度限制，也就是要求船只的货物装载量不能太多。以往正常年份，船只吃水限制在15公尺以下，今年只允许吃水13公尺通过。
其实，过去十年间，加通湖都遇到持续性干旱，除今年（2023）外，2016年与2019年也是严重的低水位。然而，在另一个极端，加通湖和另一个为运河供水的湖泊阿拉胡埃拉湖（Lago Alajuela），在2010年12月达到历史最高水位，洪水导致运河历史上1第三高位，这同样也不正常。
