為確保防汛安全，三峽樞紐工程每出到汛期前就會啟動深孔泄洪，調整水庫水位。讓出容量準備接納上游持續強降雨。圖為2019年夏季三峽大壩洩洪。（圖／新華社）
长江三峡大坝在经过多年的实际运行后，其设计的发电、防洪功能确实发挥不小作用，但近几年来又传出坝体位移，长江洪水期的坝体安全性成为最受关注的焦点。若以近数十年来长江洪水纪录来看，三峡大坝在2010年顶住了历史最高纪录的长江洪峰，证明三峡大坝确实发挥了防洪的综合效益。只是随着气候变迁，未来在极端型气候肆虐下，三峡大坝是否能抵御得住愈来愈大的洪水，仍是治水专家担忧却又难以预料的问题。
三峡大坝自立案时就已议论纷纷，在大陆内部与国际上都饱受争议，有些专家甚至认为，三峡做为政治工程的作用高于水利工程，在牵动极复杂的生态、经济、社会、国防与政治考量下，已经很难以客观的技术层面来加以讨论。但若仅以单一议题来讨论，仍有不少客观的技术数据可以证明其效益。
在讨论三峡大坝的防洪功能时，1998年那场长江流域特大洪水造成的毁灭性灾难成为最常被提起的对照事件，三峡大坝自2003年开始运行后，2010年迎来了数十年来最大的长江洪峰，刷新了1998年洪峰的记录，而这次三峡大坝不只减缓了中下游的洪灾，先前受到安全性质疑的坝体也抵御住洪峰的侵袭。
以2010年长江与三峡大坝的水文记录来看，当年汛期之初的6月中下旬长江流域发生2次明显集中强降雨，两湖水系多条河流水位全部超出警戒，形势异常严峻。为迎接洪峰到来，三峡大坝在7月中旬2次开闸泄洪，腾出容量应对每秒7万立方米的特大洪峰。在首次洪峰通过时，拦下24.6亿立方米洪水，减轻了长江中下游地区的防洪压力。
虽然洪峰抵挡下来，但2010年仍有不少洪水灾害，专家指出，三峡水库的防洪作用非常明显，发生洪水问题的主要是长江的支流，因灾死亡者，绝大多数是山洪暴发所致。此后这种情况持续多年，至今仍是大陆各地方政府所管辖的河川水灾最为频繁。
近年随着气候变迁议题受到重视，极端气候的影响也让人担忧三峡大坝的未来，长江三峡集团公司三峡枢纽建设运行管理局副局长赵木森曾表示，现在长江中下游河道泄洪能力转弱，洪峰逐年升高，三峡水库已出现防洪库容不足的窘态，未来解决长江中下游的防洪问题，还要靠长江整体的综合防洪体系。他说，「三峡工程的防洪能力有限，不能包打天下，三峡工程建成运行，不能完全解决长江的防洪问题，不能使长江防洪一劳永逸。」
对于三峡工程未来要抵御愈来愈强的洪峰，许多人开始讨论它到底能撑多久，从「万年一遇」的洪水到「千年一遇」洪水的说法都曾被提出，最近还出现能抵御「百年一遇」洪水的官方说法，显示对三峡大坝的功能估计愈来愈「务实」。不过学者指出，抗洪能力与坝体结构安全是两个不同概念，不能混为一谈。如上所述，三峡大坝抵御住洪水，但中下游各支流的洪水仍可以造成不小灾害，指望一个大坝解决所有洪水问题，显然是不切实际的想法。
